يتكون الهيكل التنظيمي لإدارة البعثات من عدة وحدات ومنها وحدة الابتعاث، وحدة القرارات،وحدة الضمانات المالية، وحدة الإحصاء والتقارير وقواعد البيانات ،وحدة المتابعة، و وحدة التواصل والمعلومات.
1.وحدةالابتعاث:
هي مسؤولة عن دراسة معاملات المرشحين للابتعاث والمبتعثين منذ مرحلة ما قبل ابتعاث وحتى إنهائه البعثة.
2.وحدة القرارات:
تقوم هذه الوحدة بإصدار القرارات التنفيذية لمحاضر كلا من اللجنة الدائمة للابتعاث واللجنة الدائمة للمعيدين والمحاضرين.
3.وحدة الضمانات المالية:
تقوم بإصدار الضمانات المالية للجامعات الخارجية والداخلية وإصدار خطابات صرف المستحقات المالية لمبتعثي الابتعاث الداخلي.
4.وحدة الإحصاء والتقارير وقواعد البيانات:
تتم هذه الوحدة بإنشاء وتطوير قاعدة بيانات مختصة بمبتعثي الجامعة و توثيق وأرشفة جميع ملفاتهم الكترونيا . كما تقوم بإصدار التقارير الإحصائية للوضع الراهن لمبتعثي الجامعة.
5.وحدة المتابعة.
6.وحدة التاوصل والمعلومات.
